台塑六輕煙囪排放汙染係由連續監測系統（CEMS）把關，而環保團體質疑從去(2016)年1至11月共有2萬5000筆超標數據，惟官方數據卻疑似「消失」，且雲林縣環保局在去年僅開出1筆新台幣10萬元罰單，令人質疑。
台塑企業則回應，煙囪連續監測系統每小時產生1筆數據，上述11個月期間34支煙囪會產生190萬筆數據，其中無效數據僅1.3%(2.5萬/190萬)，且數據有效率達98%以上、遠低於環保署要求連續監測系統的數據有效率應達75%規定。
台塑企業指出，去年1月確實有一件製程操作異常案件，導致CEMS監測到氮氧化物濃度超過管制標準，導致遭雲林縣政府依法處罰10萬元。該件異常發生廠處已經立即排除異常，同時比對當時環保署麥寮空氣品質監測站數據，二氧化氮濃度維持在當地背景11ppb到19ppb，顯示並沒有影響附近空氣品質。MoneyDJ 新聞 2017-01-13 06:49:19 記者林昕潔 報導